En el año 1777 la familia se trasladó a Lima dode el joven Hipólito Unanue estudió en la Universidad Mayor de San Marcos, obteniendo el grado de bachiller en Medicina en el año 1783.
En ceremonia pública mu solemne, hizo el juramento para ejercer la profesión de médico.
En la Universidad de aquellos tiempos, muy pocos llegaban a aprobar la tesis. Sin embargo no sólo aprobó sino que en 1788 ingresó como profesor de la Universidad Mayor de San Marcos haciéndose responsable de la cátedra de ´Método de Medicina.
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